Das bedeutendste Ausstattungsstück der Kirche ist der ungewöhnliche Baldachin-Altar.

Seine bewegte Geschichte reicht bis ins 16. Jahrhundert zurück, als Hans Brüggemann für die Bordesholmer Chorherren seinen berühmten Altar schuf. Damals bestellte die Brügger Kirchengemeinde bei der Werkstatt des Meisters einen neuen Altaraufsatz. Dieses als „Kleiner Brüggemann-Altar“ bezeichnete Retabel bestand aus einer geschnitzten Kreuzigungsszene, eingefaßt von einer Predella, einer eichenen Rückwand und einem Baldachin.

1666 wurde der Bordesholmer Altar aus dem längst säkularisierten Kloster in den Schleswiger Dom überführt. Der Amtmann Hans Heinrich Kielmann von Kielmannseck stiftete 1672 der Brügger Kirche einen neuen Altaraufsatz und ließ das hiesige Brüggemann-Schnitzwerk in der Bordesholmer Klosterkirche aufstellen. Auch dort fand es keine bleibende Heimat; heute kann es im Schloß Gottorf besichtigt werden. Der von Kielmannseck gestiftete Altar wurde unter Verwendung der bereits vorhandenen Teile der Predella, der Rückwand und des Baldachins sowie aus einem ausgemusterten Seitenaltar der Bordesholmer Klosterkirche hergestellt.

Der Stifter ließ das Triptychon von einem unbekannten Künstler im barocken Stil neu bemalen. Es zeigt auf der Mitteltafel die Kreuzigung, auf dem rechten Flügel Verkündigung des Engels (unten) und Auferstehung (oben), auf dem linken Flügel Christi Geburt (unten) und Himmelfahrt (oben). Auch der Baldachin wurde neu gestaltet. Inschriften und die Wappen von v. Kielmannseck und seiner Frau Mette, geb. v. d. Wisch, weisen auf die Stifter. Im Zuge der Renovierung um 1960 wurden Baldachin, Predella und Rückwand an das Landesmuseum ausgeliehen. Allein das Triptychon verblieb in Brügge und diente als Altarbild.

Nach der Rückkehr der Leihgaben wurde der Baldachin-Altar in seiner heutigen Form fertiggestellt und 1985 neu geweiht.