Schon für das 17. Jahrhundert läßt sich für die Brügger Kirche eine Orgel nachweisen. Der Schönhorster Erbpächter Johann Doose stiftete 1821 eine neue. Sie wurde von dem bekannten nordschleswigschen Orgelbaumeister Jürgen Marcussen geschaffen, dessen heute noch in Apenrade bestehenden Firma viele Kirchen Schleswig-Holsteins und Dänemarks mit ihren Instrumenten ausgestattet hat. 1975 erfolgte ein fast vollkommener Neubau durch Orgelbaumeister Rudolf Neuthor aus Kiel.

Ein barocker, farbiger Posaunenengel (18. Jh.) schwebte bis 1985 in der Mitte der Kirche und hängt seitdem an der Orgelempore. Es handelt sich wohl um einen Standengel, der die Ballustrade der Orgelempore geschmückt hat.